本专业是国家博士点一级学科作物学下，由南京农业大学于2002年自主设置的二级博士学科点专业。本专业主要相关科学技术领域有微生物学、植物学、生物化学与分子生物学等，主要研究领域有环境生物技术、污染物微生物降解、微生物发酵与酶工程、基因组学与蛋白质组学、免疫学技术，在环境污染治理与修复、植物生物化学、现代免疫技术、微生物发酵工艺与产品开发等方面成绩显著、特色鲜明。现有博士生导师近4名。本学科依托农业部农业环境微生物工程重点开放实验室和农业部动物疫病诊断与免疫重点开放实验室等研究机构，科研条件良好。研究生就业去向主要为科研、教学、管理及企业单位。
主要研究方向：
1、环境生物技术
2 、微生物发酵与酶工程
3 、医药生物技术
4、免疫学技术
